El 28 de agosto de 1748, festividad de San Agustín, se puso la primera piedra, y el 28 de enero de 1762, se concluyó con la gran fachada en la que se utilizaron materiales procedentes de un templo romano descubierto en Monteagudo dos años antes. Destacamos las dos columnas estriadas de mármol rojo. Se realiza la construcción incorporando la antigua capilla de la Arrixaca y como parte de un gran convento de Agustinos.

Durante los años 1835 al 1851 no se celebró el culto en este lugar. ¿Qué pasó? Fueron suprimidos todos los conventos con menos de 12 frailes y, como en este sólo quedaban 4, tuvieron que marcharse a otro convento de Zaragoza. El 2 de agosto del 1835 hubo un intento de incendio y el 15 del mismo mes fue profanado el templo y arrasados los altares, las imágenes y la decoración de Pablo Sístori. El templo quedó como cuartel y polvorín y, después, como almacén público de leña o carbón. En 1848 fue demolido todo el Convento para construir en el solar una plaza de toros. Se salvó el templo por su grandes dimensiones y por las «columnas romanas de la fachada» que merecían más respeto.

En 1853, el Obispo D. Mariano Barrio Fernández recupera el templo para el culto, lo enriquece con altares, imágenes y retablos, entre ellos el que ahora hemos rehabilitado, que fue sólo parcialmente dañado en la guerra del 36-39. Regaló una campana y un órgano. Trasladó a este lugar obras de arte del monasterio de los Jerónimos, como la vida de S. José, de Senén Vila, que conservamos en la capilla de la Arrixaca.

La mañana del 19 de julio de 1936, el sacerdote tuvo que interrumpir la celebración de la Eucaristía y se cerró el templo. Al día siguiente, a las 12 de la noche, un joven de 17 años, arriesgando su vida, retiró todas las HOSTIAS CONSAGRADAS y las llevó a casa de un sacerdote, donde fueron consumidas «con fe viva y llorando». Son palabras del protagonista que todavía vive entre nosotros. El templo fue arrasado y desaparecieron ornamentos, vasos sagrados y muchas imágenes de gran valor artístico, entre ellas debemos mencionar, al menos, las imágenes de S. Lorenzo, S. Antonio, Sta. Rita, un Cristo Yacente y una Soledad, todas de Salzillo. También un Cristo en la Cruz de la escuela de Salzillo y un S. Teodoro vestido de romano que estaba en la capilla de la Arrixaca. Otras las conservamos porque el Ayuntamiento ordenó que fuesen trasladadas a la Catedral, donde quedaron custodiadas porque «no pertenecían a los ricos y los curas, sino al pueblo».

Desde 1939 hasta 1941, por estar destrozado el templo, se celebró el culto en la contigua Iglesia de Jesús y, después, se reanudaron en este templo lleno de muchas goteras y con un piso remendado de cemento, la oración de la comunidad, la veneración de las imágenes que no fueron destruidas, y la celebración de la Eucaristía y de los demás sacramentos.

A partir del 1950 se inició una amplia restauración. Se puso el piso de mármol, el tabernáculo y el altar, casi todos los retablos de las capillas, y se adquirieron muchas imágenes, vasos sagrados y ornamentos litúrgicos. Todo esto permanece.

1977: Restauración de la Capilla de la Arrixaca con sus entornos y techumbre que amenazaban ruinas. La venerable imagen de la Arrixaca quedó retirada del culto por razones de seguridad y el Retablo y la Virgen del Amor Hermoso se trasladaron a la primera capilla del lado derecho de la nave central, donde se encuentran ahora.

1983: Intervención antihumedad en los muros de la nave izquierda, la que limita con el Colegio, con un procedimiento muy costoso que se consideraba eficaz, pero no dio resultado. Todos los retablos de las capillas fueron rehabilitados. Se descubrió la piedra y molduras de las pilastras de la nave central y de los arcos de las capillas. Todo estaba recubierto con toneladas de yeso, tal vez por causa de la última epidemia de cólera en el siglo XIX. Este año se pintó todo el templo.

1986: Consolidación del coro que amenazaba ruinas. Se puso un nuevo cortavientos y se pintó el atrio. Construcción del campanario y colocación de las campanas que, por encontrarse la espadaña en ruinas, estaban muchos años sin sonar. La estructura de hierro está esperando una torre.

1988: Sobre las capillas laterales, se recuperaron nueve salones muy necesarios para la vida de la comunidad parroquial y se hicieron servicios sanitarios en este piso. Se abrieron escaleras en el lado izquierdo y se arreglaron las del lado derecho. Fueron restaurados los dos ángeles adoradores de Dupart que quedaron destrozados por accidente el 1 de octubre del 84.