Nuestra iglesia ha sido descrita por numeroso eruditos que han tratado la historia de Murcia: Díaz Cassou recoge en su libro «Serie de los obispos de Cartagena» diversas noticias sobre los Agustinos en relación a los diferentes episcopados; González Simancas en su «Catálogo Monumental».

A modo de resumen, podemos señalar que, en tiempos del obispo D. Fernando de Pedrosa, en concreto en 1397, «vinieron a establecerse frente a la actual Ermita de San Antón de la Ciudad de Murcia, los Agustinos de San Ginés de la Jara». Por recomendación del obispo Mateo Lang, «les dio el Arrixaca, de la ciudad de Murcia (9 de noviembre de 1514), aunque siguieron teniendo extramuros su convento, frente a San Antón, sufriendo por esta causa grandes daños en la riada de 1531».

Destruido el convento de Padres Agustinos que estos fundaron en 1579 junto a la iglesia antigua de Nuestra Señora de la Arrixaca, y conservándose únicamente el templo cuya construcción continuaba en 1630, Don Pedro Molina, primer Marqués de Corvera, restauró completamente aquella iglesia que vino a quedar unida a la de los frailes en forma de amplia capilla en el lado de la epístola.

El 7 de marzo de 1646, «los Señores Murcia habían dado posesión a los Agustinos de la ermita contigua de San Sebastián; En 1651 se produce la Riada de San Calixto: casi se hunde del todo el convento de San Agustín. Así el 16 de marzo de 1675, los agustinos se enfrentaron la cofradía, acudiendo a un pleito de los interminables que acostumbraban las comunidades, y zanjando dicha cuestión decidieron demoler (el 10 de Febrero de 1676) la ermita de San Sebastián y construir la de Jesús, otorgando de ello escritura de 2 de Marzo de 1676».

El 28 de enero de 1762, Ee Obispo Diego de Roxas y Contreras ayudó a los Agustinos de Murcia a que terminaran la fachada de San Agustín, excepto las torres. El 5 de Marzo de 1765, «se tapó la comunicación que venía teniendo con la iglesia de Jesús; y fue a causa de haber ganado la Cofradía de este nombre el pleito que seguía con los frailes agustinos». El convento de San Agustín, fue «profanado después en 15 de noviembre de 1834, siendo la iglesia destinada a polvorín (1836) y luego a almacén de carbón y leña. En el intervalo entre los obispos Azpeytia y Barrio, se demolió el convento de San Agustín para hacer plaza de toros (1846).»

El edificio principal hoy sirve de parroquia en el histórico barrio (arrabal de la Arrixaca) habitado por mozárabes durante la dominación musulmana y por mudéjares a raíz de la reconquista. Esta iglesia tuvo retirado el culto desde 1835 a 1851 hasta que en esta última fecha se hicieron obras de reparación. La comunidad tenía muchas y valiosas obras de arte, pero todo fue destruido en los azarosos días de la exclaustración queriendo incendiarle la noche del 2 de agosto de 1835, siendo al fin profanado el 15 de noviembre del mismo año con actos sacrílegos y repugnantes, quedando la iglesia desde 1836 para polvorín y más tarde para almacén público de leña y carbón hasta que en1853, el que fue luego Cardenal arzobispo de Valencia, el entonces obispo de Murcia, Excmo. e Ilmo. Sr. D. Mariano Barrio Fernándezpudo conseguir la adquisición de dicha iglesia, costeó sus muchas obras de blanqueos, reparación, construcción de altares y efectos.

Los antiguos frescos obras de D. Pablo Sístorique decoraban las paredes, naves y capillas, fueron borrados por un blanqueo general de los muros… «. (pintura que hoy podemos comprobar sobre un fragmento conservado, en la actual capilla de San José, Santa Lucia y Atrio de la Iglesia).

Finalmente, conviene reseñar que durante la Guerra Civil (1936 a 1939) la iglesia volvió a convertirse en almacén y garaje; al final de la guerra, una vez reconstruída, se abrió nuevamente al culto.

Hoy, podemos decir que nuestra madre, la Virgen de la Arrixaca, nos ha regalado un precioso templo donde anegar nuestro corazón errante y en cuyo regazo descansa mi tan querido San Andrés.